Het terrein, het eiland Oostenburg als middelpunt van bedrijvigheid.

De V.O.C. is opgericht in 1602, maar in de daarop volgende jaren van bloei was de Kamer Amsterdam van de V.O.C. uit de vestigingen in het stadscentrum gegroeid.

Op het schiereiland Rapenburg, waar tot dan toe de schepen van de Compagnie werden gebouwd, was geen ruimte voor uitbreiding. Oostenburg was een schiereiland, ontstaan door stadsuitbreiding van Amsterdam in de 17e eeuw.Het stadsbestuur wees het toe aan de V.O.C., die het bestemde voor het uitreden (uitrusten) van schepen, en voor opslag van uit de Oriënt aangevoerde producten zoals porselein en specerijen. Deze goederen werden opgeslagen in het Oostindische Zeemagazijn, een reusachtig pakhuis waarvan de bouw rond 1660 was begonnen. Terzelfdertijd kwamen scheepswerf, lijnbanen en andere gebouwen tot stand.

In de tijd van de V.O.C. is de bedrijvigheid op Oostenburg altijd zeer groot geweest. Ook de Russische tsaar Peter de Grote heeft er gewerkt. Gedurende ruim vier maanden bekwaamde hij zich als scheepstimmerman en werkte hij mee aan de bouw van de Petrus en Paulus, een fregat van de V.O.C.

Bij zijn terugkeer naar Rusland ontving Peter de Grote als geschenk een kleiner schip, en een oorkonde als getuigenis dat hij het vak van scheepstimmerman meester was.

In het museum is een Tsaar Peter-hoek ingericht, die herinnert aan zijn verblijf. Plaquettes waarop de tekst van de oorkonde en het portret van Peter de Grote zijn afgebeeld, zijn ingemetseld een een zijwand aan de buitenzijde van het museum.

In 1795 hield de V.O.C. op te bestaan. Het grootste deel van het terrein lag braak totdat daar door Paul van Vlissingen in 1827 de grondslag voor het latere Werkspoor werd gelegd.